Madara du clan Uchiha est sans conteste le personnage le plus mystérieux du manga. Son nom apparaît dans le chapitre 309, évoqué par Kyuubi. On ne sait encore que très peu de choses sur lui. Fondateur de Konoha et du clan Uchiha, il se serait finalement battu avec le Premier Hokage qui l'aurait défait. C'est également le premier à avoir développé le Mangekyu'o Sharingan.

Dans le chapitre 387, Itachi révèle que Madara est encore vivant et qu'il l'a aidé à massacrer son clan; ce serait également lui qui aurait "lâché" Kyuubi sur Konoha, son sharingan lui permettant de maîtriser les bijuus. On apprend également que ce pouvoir rend progressivement aveugle, ce qui a contraint Madara a prendre les yeux de son frère pour remplacer les siens. Mais Madara devrait être mort depuis longtemps, le village de la feuille ayant été fondé il y a déjà plusieurs générations. Comment peut-il être encore en vie? On sait seulement qu'il est affaibli car il déclare lui-même ne être que l'ombre de celui qu'il était suite à sa défaite face au Premier Hokage.

Quoiqu'il en soit, Madara serait en fait le véritable leader de l'akatsuki qui lui sert en réalité de paravent pour ses objectifs. On apprend dans le chapitre 399 que Madara et Tobi sont bien une même personne. Ayant appris à Sasuke la vérité sur les motivations de son frère Itachi dans l'assasinat de son clan, il est parvenu à s'en faire un allié contre Konoha et l'a chargé de ramener le Jinchuuriki à 8 queues. Dans le même temps, il envoie Pain à Konoha capturer Naruto, mais celui-ci échoue. Contraint de brusquer les choses, il envoie alors Kisame capturer Hachibi et intervient lui-même au sommet des Cinq Kage.

Le but ultime de Madara est de rassembler les neuf bijuu pour recréer  le dixième bijuu, un monstre ancestral appelé Jubi. Les neuf bijuu ne seraient en réalité que des "morceaux" de Jubi qui aurait été séparé par le fondateur des ninja, Ridukou. En devenant l'hôte  de ce monstre, Madara pourrait projeter son œil sur la Lune pour créer un genjutsu d'une puissance phénoménale appelée « Tsukuyomi infini » permettant de contrôler tous les humains par l'hypnose. Il demande au Kage de se soumettre, et devant leur refus leur déclare la guerre.

Voir aussi : fiche de Tobi